目前殺滅致病菌的藥劑主要有八種：(1)漂白粉；(2)漂白晶；(3)次氯酸鈉；(4)液氯；(5)臭氧；(5)電解法二氧化氯；(7)化學法二氧化氯；(8)紫外線消毒。

        醫療廢水處理站常用液氯消毒法或次氯酸鈉消毒法，小型醫院的污水地亦可采用漂白粉消毒法。采用液氯消毒法，應用加氯機，以定時定量加氯法投放液氯。經一級處理的污水，加氯量可定為20-30mg/L；經二級處理的污水，加氯量可定為10～20mg/L。實際加氯量按出口污水中余氯量進行調整。采用氯酸鈉消毒法可電解高濃度的氯化鈉溶液，產生次氯酸鈉深液。亦可直接應用次氯酸鈉溶液，采用虹吸法投放到污水中時行消毒，加氯量參照液氯消毒法確定。采用臭氧消毒法．通過臭氧對醫療廢水進行消毒處理，也可有效制止病毒的滅活作用。紫外線消毒受透光度的制約，用于醫療廢水處理并不理想。

        消毒是用來抵抗各種方法處理后殘留細菌污染物的最后防御手段，氯氧消毒是目前最先進的消毒手段。氧系消毒劑具有殺菌快速、徹底、廣譜等特點。氯系消毒劑是最常用的消毒劑，在防止水傳播疾病中起重要作用。氯投加到不含有機物的純凈水中后，很快就形成冷氯酸，冷氯酸殺滅大腸桿菌只需幾分鐘，但殺滅某些病毒卻要一個小時；如水中存在有機物，氯會與這些物質起反應，除非投氯量大，否則水中不會出現游離氯。消毒劑必須與細菌有效接觸才能殺滅細菌，為了保證最佳效果的殺菌，要有一定的接觸時間，良好的混合是提高殺菌效率的必要條件之一。氯氧消毒劑兼具各種消毒劑的優點，具有互補和協同作用，其殺菌速度、效率、廣譜性是任何一種單一型消毒劑所無法比擬的。當混合消毒劑投加到水體中后，強氧化性的ClO和O最先發生作用，它們首先和水中的還原性物質(有機物)反應，既消除了處理中可能產生的氯代有機物，又為混合消毒劑高效地發揮殺菌作用掃除了障礙。在殺菌過程中O和HO-會被很快消耗完畢，而ClO、Cl則能提供余氯持續殺菌作用。接觸反應完成以后余氯的存在是影響消毒效果及持續殺菌能力的主要因素。余氯不足達不到預定的消毒目的，余氯量太高，造成消毒劑的浪費。應根據醫院具體情況實現余氯的自動控制。
 

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